Partant du constat que le plancton, composante essentielle des réseaux trophiques marins et des cycles biogéochimiques, est souvent étudié de manière fragmentée, l’objectif a été de développer une vision globale de sa biodiversité et des facteurs qui contrôlent sa distribution. Les résultats révèlent une forte diversité couvrant l’ensemble du continuum planctonique, des microorganismes au zooplancton. Les niveaux de diversité les plus élevés sont observés dans les fractions de petite taille, tandis que les fractions supérieures à 64 µm sont dominées par les métazoaires, notamment les Arthropodes. Les échantillons collectés par bouteilles Niskin présentent une forte abondance de protistes tels que les Syndiniales et les Rhizaires. Le métabarcoding met également en évidence de nombreux taxons rares ou cryptiques, dont certains parasites microscopiques difficilement détectables par les méthodes traditionnelles.

L’étude montre que la structure des communautés est principalement déterminée par la profondeur, la taille des organismes et la résolution taxonomique considérée. Des gradients spatiaux marqués distinguent les zones côtières, plus riches en nutriments, des régions océaniques oligotrophes. La température, la stratification de la colonne d’eau et la disponibilité en nutriments apparaissent comme les principaux facteurs environnementaux contrôlant cette organisation. Cette approche intégrée et FAIR souligne la complémentarité des données d’imagerie et des outils moléculaires, et constitue une base essentielle pour renforcer la surveillance des écosystèmes méditerranéens et mieux comprendre leur réponse aux changements climatiques et aux pressions anthropiques.

Au-delà, elle confirme l’intérêt de l’existence d’un observatoire pérenne tel que MOOSE pour réaliser un portrait intégré de la biodiversité planctonique en Méditerranée.