Brève

Résultats de la finale régionale 2024 du concours MT180

27 février 2024 by osuadmin

Les candidats avaient 3 minutes pour présenter leurs travaux de recherche et convaincre le jury et le public.

Yéter Kara, doctorante au Centre de recherche en cardiovasculaire et nutrition (C2VN)¹, a remporté le 1er prix du jury et le prix du public. Sa thèse s’intitule « AhR : un nouvel acteur dans le purpura thrombotique thrombocytopénique (PTT) ». Elle disputera la demi-finale nationale qui aura lieu à Paris fin mars.

Elle sera accompagnée de Pierre Baby, doctorant à l’Institut méditerranéen de biodiversité et d’écologie marine et continentale (IMBE)² , qui a remporté le 2e prix du jury avec sa thèse « Réponses physiologiques et comportementales du prédateur généraliste, Forficula pubescens (Dermaptera: Forficulidae) face à diverses contraintes biotiques et abiotiques dans une perspective de lutte biologique en vergers de pommiers ».

Donatienne Borel, doctorante au Centre aixois d’études romanes (CAER)³ , a remporté la 3e place avec sa thèse « Traduire la rime en chanson. Georges Brassens en espagnol et en italien ».

Source : https://www.provence-corse.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/resultats-de-la-finale-regionale-2024-du-concours-mt180

1. Aix-Marseille Université/Inserm/INRAE

2. Aix-Marseille Université/Avignon Université/CNRS/IRD

3. Aix-Marseille Université

L’indexation des données brutes de séquençage pour mieux déchiffrer le vivant

1 mars 2024 by osuadmin

Les grands projets de séquençage sont fondamentaux pour mieux comprendre le vivant dans différents domaines (santé, agronomie, écologie). Les avancées technologiques ont permis d’atteindre une taille considérable de données brutes de séquençage (lectures de séquences). Le service européen « European Nucleotide Archive » contient actuellement près de 50 Petaoctets de données brutes publiques.

Une équipe de chercheurs du CNRS Terre & Univers, en collaboration avec plusieurs laboratoires de recherche, a utilisé des k-mers (mots de taille k) pour créer une notion de mot dans les données brutes de séquençage. Cette solution d’indexation a ainsi permis d’interroger plusieurs dizaines de téraoctets de données de séquence issues du projet Tara Oceans. Le serveur web public Ocean Read Atlas (ORA), développé pour ce propos, permet d’interroger directement plusieurs jeux de données du consortium Tara Oceans prélevés sur tous les océans du globe. À l’aide d’une ou plusieurs séquences, il est possible d’identifier la présence de séquences similaires sous forme de carte et de graphique interactifs (voir figure 1) dans les stations de prélèvement en fonction de leurs propriétés environnementales (température, salinité, oxygène, etc.).

Auparavant, une requête de 1000 séquences nécessitait plusieurs semaines de calculs sur des supercalculateurs, la réponse est désormais instantanée avec ORA sans compresser la structure des données. Cette étude ouvre ainsi de nouvelles perspectives dans le domaine de la génomique et l’écologie numérique grâce à l’accès et l’exploitation des dizaines de téraoctets de données génétiques. Ce modèle d’indexation de données de séquençage sera utilisé pour les campagnes océanographiques BioSWOT-Med et APERO.

Figure 1. Carte de la répartition biogéographique des séquences partageant les k-mers contenus dans la séquence du gène appelé nifH de l’espèce Pseudodesulfovibrio profundus.© Institut Méditerranéen d'Océanologie (MIO) — Figure 1. Carte de la répartition biogéographique des séquences partageant les k-mers contenus dans la séquence du gène appelé nifH de l’espèce Pseudodesulfovibrio profundus.© Institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO)

Source : https://www.insu.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/lindexation-des-donnees-brutes-de-sequencage-pour-mieux-dechiffrer-le-vivant

Asie centrale : changement brutal des précipitations et de la végétation il y a 56 millions d’années

2 février 2024 by osuadmin

Dans le but de mieux appréhender notre futur, une équipe internationale, dans le cadre du consortium de recherche « VeWA » et dans laquelle le CNRS Terre & univers est impliqué (voir encadré), explorent les anciennes périodes chaudes de l’histoire de la Terre. Leur étude montre qu’une augmentation des gaz à effet de serre dans l’atmosphère il y a 56 millions d’années a entraîné un changement brutal des précipitations et de la végétation en Asie centrale.

Afin de reconstituer les régimes de précipitations de la période chaude du début du Paléogène, les chercheurs ont combiné leur expertise pour développer une approche multi-proxy innovante dans laquelle ils ont combiné du pollen et des spores fossiles ainsi que des données géochimiques provenant de sols fossiles. Au cours de l’événement hyperthermal étudié, les précipitations ont temporairement doublé en raison des températures plus élevées et la steppe régionale a été remplacée par un paysage forestier. Les sols se sont asséchés en hiver, ce qui signifie que, contrairement aux attentes, la plupart des précipitations sont tombées pendant la période estivale – ce qui est comparable à la mousson moderne.

Les scientifiques associent cet évènement hyperthermal au maximum de température du paléocène/éocène, une phase de réchauffement de la planète associée à une augmentation considérable des gaz à effet de serre dans l’atmosphère et les océans de la Terre. Au cours de cette période, la température globale a augmenté en moyenne de six degrés Celsius en l’espace de quelques milliers d’années. Leurs recherches montrent qu’en Asie cet évènement s’est accompagné de conditions exceptionnellement humides et à une expansion des précipitations vers l’intérieur des terres, qu’ils ont appelée proto-mousson. Ce travail fournit des informations paléoclimatiques sur le climat de l’Asie centrale d’une réponse abrupte et non linéaire des moussons asiatiques aux conditions extrêmes de l’effet de serre et mettent en évidence la possibilité de changements brusques dans le cadre d’un réchauffement planétaire futur. Le réchauffement actuel impose des températures extrêmes et une sécheresse accrue sur la steppe d’Asie centrale, ainsi que sur sa flore et sa faune fragiles, qui sont déjà menacées par l’utilisation anthropique des sols. Des changements abrupts encore plus spectaculaires sont attendus si les températures continuent d’augmenter.

Deux grains de pollen fossils. Ephedra, typique des arbustes des steppes d'Asie centrale de la période Paléogène (gauche). Juglandaceae, un taxon ancestral de marronnier qui se répand en Asie Centrale pendant l'hyperthermal il y a 56 millions d'années (droite). — Crédit : Hanna van den Hil and Julia Gravendyck.

Echantillonnage près de Xining, Chine occidentale. — Crédit : Dupont-Nivet/CNRS Rennes

La chronologie lunaire révisée par l’hétérogénéité du bombardement

30 janvier 2024 by osuadmin

L’un des résultats scientifiques majeurs des missions de retour d’échantillons lunaires (Apollo, Luna, Chang’e) a été l’établissement d’un modèle de chronologie permettant de déduire l’âge des surfaces à partir de la densité de cratères observée. Ce modèle constitue actuellement le seul outil disponible pour dater les surfaces du Système Solaire, permettant ainsi de préciser la temporalité des grands évènements responsables de leur évolution géologique. Or, la majorité des modèles de chronologie, supposent un taux de cratérisation homogène sur toute la surface lunaire.

Cependant, la synchronicité de l’orbite lunaire autour de la Terre et la distribution orbitale des impacteurs remettent en question l’hypothèse d’un flux d’impact lunaire homogène. Quelle est l’intensité et les conséquences d’une hétérogénéité du flux d’impact sur la mesure de l’âge des surfaces lunaires? C’est justement ce qu’une équipe de recherche internationale, dans laquelle le CNRS Terre & Univers est impliqué, vient d’établir.

Les scientifiques ont découvert que le taux de cratérisation sur la Lune varie d’un facteur ~1.8 entre différentes régions. La conséquence sur l’interprétation des échantillons lunaires ? Les régions d’où proviennent ces roches n’auraient donc pas enregistré le même taux d’impact et les systèmes de chronologie des corps du Système Solaire s’en trouvent erronés. Les chercheurs ont ensuite utilisé cette variation du taux de cratérisation pour recalibrer la chronologie lunaire. Ce nouveau modèle modifie jusqu’à 30% l’âge des surfaces lunaires déduites des comptages de cratères depuis des décennies. En conséquence, notre vision de la temporalité de l’activité géologique de la Lune pourrait être révisée, tout comme les chronologies d’autres corps planétaires tels que Mercure et Mars, lesquels sont calibrées sur celle de la Lune. Enfin, les futures missions d’échantillonnage lunaire telles qu’Artemis ou Chang’e-6 permettront de préciser cette chronologie pour les périodes les plus anciennes, il y a plus de 3.5 milliards d’années.

Asymétrie du taux de cratérisation lunaire. Les points noirs et jaunes symbolisent les terrains échantillonnés par les missions Apollo (A), Luna (L) et Chang’e-5 (CE). Crédit : A. Lagain et al. (2024)

Source : https://www.insu.cnrs.fr/fr/cnrsinfo/la-chronologie-lunaire-revisee-par-lheterogeneite-du-bombardement

Tous nos meilleurs vœux pour 2024

31 décembre 2023 by osuadmin

Le CO2 atmosphérique lié à la ventilation des eaux océaniques ?

21 novembre 2023 by osuadmin

La ventilation des eaux océaniques profondes, riches en carbone, peut fortement affecter le CO₂ atmosphérique, mais son histoire à l’échelle millénaire est mal connue.

Les mesures des paléo-concentration de CO₂ atmosphérique effectuées dans les bulles d’air des carottes de glaces polaires présentent – pour les stades froids (stadials) de l’Atlantique Nord , de durée millénaire – des tendances contrastées énigmatiques (hausses, baisses ou stabilité). Cet article présente un enregistrement – à haute résolution et bien daté sur les derniers 150 000 ans – des variations de l’acidité des eaux profondes de l’Atlantique Nord. Il révèle pour les stades froids, cinq modes de ventilation océanique et leurs conséquences pour le stockage du carbone par l’océan et pour les variations de concentration en CO₂ atmosphérique.

Nos données (ratio Bore/Calcium, proxy de l’ion carbonate (CO₃^(2-)) mesuré sur une espèce de foraminifère benthique, au long d’une carotte sédimentaire de la marge ibérique) démontrent que lors des stades associés à une forte augmentation du CO₂ atmosphérique, l’océan Austral fortement ventilé a libéré de fortes quantités de carbone issu de ses eaux profondes. D’autres stades froids ont été caractérisés par une faible ventilation des océans austral et atlantique nord, ce qui favorisait l’accumulation de carbone dans l’océan profond, ralentissant le transfert de CO₂ à l’atmosphère, ou l’inversant, avec pour conséquence une baisse du CO₂ atmosphérique.

Cet article démontre qu’à l’échelle millénaire le stockage de carbone par l’océan et la teneur en CO₂ atmosphérique sont modulés par plusieurs modes de ventilation océanique résultant de l’interaction des deux régions polaires, et non pas du seul océan austral.

J. Yu, R. F. Anderson, Z. D. Jin, X. Ji, D. J. R. Thornalley, L. Wu, N. Thouveny, Y. Cai, L. Tan, F. Zhang, L. Menviel, J. Tian, X. Xie, E. J. Rohling & J. F. McManus.